Jan urodził ok. 350 roku w Antiochii syryjskiej, jednym z ważniejszych miast starożytności w obrębie Morza Śródziemnego. Pochodził ze znaczącej rodziny, ojciec jego Sekundus, oficer cesarski zmarł niedługo po narodzeniu syna. Wychowaniem jego zajęła się, pochodząca z Gracji, matka – Antuza. Uczył się u słynnego retora Libaniusza wraz z św. Bazylim. W nauce czynił duże postępy i wykazywał zaangażowanie, tak że jego mistrz widział w nim swojego następcę.
Chrzest przyjął w wieku lat dwudziestu. Było to wydarzenie bardzo znaczące w jego życiu – wstępuje do stanu duchownego. Po śmierci matki udaje się na pustkowie. Zamieszkuje w grocie i prowadzi życie ascetycznego pustelnika. Po czterech latach, że względu na stan zdrowia, powraca do Antiochii. Pełni tu funkcję lektora, w 381 roku przyjmuje święcenia diakonatu a w 385 roku święcenia kapłańskie mając już ok. 36 lat. To w tym czasie głosząc kazania w świątyniach antiocheńskich zyskał przydomek „Złotousty” (Chryzostom). W roku 387 lud Antiochii wystąpił przeciwko cesarzowi Teodozjuszowi I Wielkiemu, m in. rozbijając jego pomniki w mieście. Jan głosząc, sławne później, Mowy Wielkopostne, ganił popędliwość ludu ale równocześnie bronił go przez karą. Cesarz odstąpił od karania winnych a mieszkańcy mieli w pamięci zasługę ich kaznodziei.
W 397 roku umiera patriarcha Konstantynopola abp Nektariusz, dwór cesarski i wierni pragnęli by to właśnie Jan sprawował ten urząd. Św. Jan przystąpił do ciężkiej pracy walcząc z nadużyciami i zepsuciem obyczajów, rozluźnieniem zasad wśród kleru jak i deprawacją samego dworu cesarskiego. Udało mu się doprowadzić do pojednania ze Stolicą Apostolską biskupa Antiochii Flawiana. Na swoim dworze zniósł wszelki przepych, nigdy nie bywał na ucztach, ani sam ich nie wydawał. Swoimi dochodami dzielił się z nędzarzami a w nauczaniu pocieszał, napominał jak i karał bez względu na stan i osobę.
Jedna z form celebracji Boskiej Liturgii w Kościele Wschodnim jest autorstwa św. Jana Antiocheńskiego, jest ona stosowana przez większą część roku liturgicznego m. in. w obrządku grekokatolickim.
Święty Jan Chryzostom należy do Ojców Kościoła, jest jednym z Doktorów Kościoła, uznawany za największego kaznodzieję Wschodu. Jest z jednym z najbardziej twórczych autorów. Do naszych czasów zachowało się 17 traktatów, ponad 700 autentycznych kazań oraz komentarze do Ewangelii św. Mateusza i Listów Pawłowych (Listy do Rzymian, Koryntian, Efezjan i Hebrajczyków) oraz ponad 240 listów.
W swoich kazaniach przedstawiał znikomość rzeczy materialnych i niestałość bogactw ziemskich. Nauczał, że grzesząc szkodzimy najbardziej sobie samym. W księdze „O kapłaństwie” wysławiał godność tego stanu, językiem prostym ale znakomitym stylem. „Bóg dał kapłanom taką moc, jakiej nie użyczył ani aniołom, ani archaniołom: tym, co mieszkają na ziemi, zlecił, by szafowali tym, co jest w niebie”.
Wysyłał misjonarzy na ziemie będące we władaniu Arabów i innych pogańskich ludów. „Nośmy więc krzyż Chrystusa jak wieniec, bo wszystko, co się do nas odnosi, przez krzyż się wypełnia. Gdy trzeba się odrodzić przez chrzest, to przed krzyżem; gdy trzeba spożyć ów tajemniczy pokarm, zostać wyświęconym na kapłana lub uczynić coś innego, wszędzie staje obok nas ten znak zwycięstwa. Dlatego z wielką gorliwością znaczymy go na domach, na drzwiach, na oknach, na czole…”
Mówił sam o sobie, że boi się tylko Boga i grzechu. Jego samego zaś bali się ci, którym letniość, rozprężenie, chaos w Kościele były wygodne. „Dlaczego wszyscy nie będziemy zbawieni? Dlatego, że nie wszyscy będą tego chcieli. Łaska, która jest darmowa, zbawia tylko pragnących dostąpić zbawienia, a tych, którzy tego nie chcą, nie zbawia.”
Święty Jan w swoim napominaniu nie szczędził dworu cesarskiego i w końcu doszło do starcia z cesarzową Eudoksją. Cesarzowa w porozumieniu z biskupami niezadowolonymi z działań patriarchy Konstantynopola, zwołała nielegalny synod nazwany później „pod Dębem” od nazwy miejscowości Onercia – Dąb. Cesarz Arkadiusz nakazał Janowi opuszczenie swojej siedziby i udania się do Bitynii. Lud, dowiedziawszy się o wygnaniu ich pasterza, podniósł bunt, który doprowadził do powrotu Jana do Konstantynopola. Został on powitany radośnie w mieście, lecz niebawem miało to ulec zmianie. Cesarzowa Eudoksja doprowadziła do ponownego synodu gdzie zasiedli sami przeciwnicy Złotoustego patriarchy, gdzie postanowiono pozbawić Jana urzędu patriarchy. Pod zbrojną eskortą udał się do portu i wsiadł na statek. Miejscem jego pobytu było dzikie pogranicze dzisiejszej Armenii. Spędził tu około roku i z tego okresu pochodzą 243 listy pisane głównie do przyjaciół. Święty Jan Chryzostom zmarł z wycieńczenia w drodze do kolejnego miejsca zesłania. Umarł ze słowami „Bogu dzięki za wszystko” na ustach. Było to 14 września 407 roku. Dnia 27 stycznia 438 roku sprowadzono jego relikwie do Konstantynopola, od 1627 roku umieszczone zostały w Rzymie w Bazylice św. Piotra.
Papież Pius V w roku 1568 ogłosił św. Jana Chryzostoma doktorem Kościoła. Jest on patronem kaznodziejów i Konstantynopola. Należy do jednego z czterech wielkich doktorów Kościoła Wschodniego. W ikonografii przedstawiany jest z krótką spiczastą bródką oraz łysiną czołową odziany w szaty biskupie. Na ikonach spotykane jest często przedstawienie „Trzech Wielkich Hierarchów” – św. Bazyli Wielki, św. Grzegorz Teolog i św. Jan Chryzostom. W sztuce zachodniej atrybutem św. Jana Złotoustego jest księga, osioł i pisarskie pióro.