Jan Sarkander urodził 20 grudnia 1576 roku w Skoczowie nad Wisłą w Księstwie Cieszyńskim jako podwładny Piastów Cieszyńskich. Rodzice jego Grzegorz Maciej i Helena z Góreckich byli średnio zamożną szlachtą. Miał on czterech braci, z których Mikołaj został księdzem diecezjalnym – Jan był najmłodszym wśród nich. W wieku 12 lat umiera jego ojciec i matka z synami przeprowadza się do Przybora na Morawach. Tam w szkole parafialnej Jan pobiera pierwsze nauki, później zaś w Ołomuńcu w kolegium jezuickim. 
Studia z filozofii podjął w Ołomuńcu i kontynuował je w Pradze. Uzyskał doktorat w 1603 roku. Decyzja o wstąpieniu do stanu duchownego była podjęta po śmierci narzeczonej (według innych źródeł – żony w rok po ślubie) w 1607 roku.
Jako wikary pracuje w różnych miejscowościach i w roku 1616 zostaje proboszczem w Holeszowie.
Początki XVII wieku w Czechach były dla Kościoła Katolickiego bardzo ciężkie. Ludność była w większości husycka i protestancka. Wiele parafii katolickich przestało istnieć, a kościoły zostały odebrane katolikom. On sam w Skoczowie był ochrzczony w małym kościółku przyszpitalnym gdyż pozostałe zostały przejęte przez heretyków.
W roku 1614 wielkorządcą Moraw zostaje katolik Władysław Popiel Lobkovic. To on odbiera husytom należące wcześniej do katolików świątynie i przekazuje jezuitom, oni zaś proponują ks. Jana Sarkandra, który dał się już poznać jako niezłomny i gorliwy obrońca wiary katolickiej. Umiał łączyć w sobie pokorę z żarliwym przypominaniem o prawach Kościoła katolickiego i jego wiernych. Pomagał potrzebującym, pocieszał cierpiących, napominał błądzących. W ciągu pierwszego roku pracy w Holeszowie powróciło na łono Kościoła 250 błądzących dusz.
Gorliwość i efekty pracy wywołały prześladowania ze strony heretyckich protestantów i husytów. Święty Sarkander musiał się ukrywać przez pewien czas i nie mógł nawet odprawiać Mszy świętej.
W roku 1618 wybucha w Czechach powstanie przeciwko cesarzowi Ferdynandowi II, które jest początkiem wojny trzydziestoletniej. Była to jedna z najdłuższych wojen w Europie. Sejm czeski zdetronizował katolickiego Ferdynanda i obwołał królem Czech kalwina Fryderyka V. Na Morawach uwięziono biskupa ołomunieckiego i członków jego kapituły i wypędzono członków zakonu jezuitów. Aresztowany został wielkorządca Moraw baron Lobkovic.
Po stronie cesarstwa jako Liga Katolicka walczą Austria, Hiszpania oraz Rzeczpospolita udzielając wsparcie wojskowego, natomiast w obozie heretycki zwanym Unią Protestancką jest Szwecja, Dania, Niderlandy, księstwa niemieckie i niestety katolicka Francja.
Parafianie z Holeszkowa wymogli na Janie Sarkandrze opuszczenie parafii. Udaje się z pielgrzymką do Częstochowy gdzie przebywa miesiąc. W drodze powrotnej dowiaduje, że heretycy zajęli kościół w Holeszkowie. W listopadzie 1619 roku Jan Sarkander jest z powrotem w swojej parafii gdzie została zaledwie garstka wiernych.
Nan początku lutego 1620 roku na prośbę cesarza Ferdynanda II na Morawach pojawiają się wojska słynne z grabieży, rabunku pułkownika Lisowskiego zwane lisowczykami. Na wieść o ich zbliżaniu się, proboszcz Sarkander zgromadził w kościele wiernych i mieszkańców i udał się w procesji eucharystycznej naprzeciw nadciągającym wojskom ufając, że cześć do Najświętszego Sakramentu powstrzyma awanturników. Tak też się stało – lisowczycy ominęli Holeszków.
To wydarzenie była dla większości heretyckiej powodem do oskarżenia ks. Jana Sarkandra o sprowadzenie wojsk polskich na Morawy. Dnia 13 lutego aresztowano księdza proboszcza i jeszcze tego samego dnia odbył się nad nim sąd. Domagano przyznania się zdrady stanu oraz narodu. Ksiądz Jan nie chciał się przyznać do zarzucanych mu czynów dlatego zastosowano wobec niego tortury. W wyniku wyciągania popękały ścięgna a kości wychodziły ze stawów. Przypalano mu pierś pochodniami. W kolejnym przesłuchaniu zażądano wyjawienia tajemnicy spowiedzi barona Lobkovica, który często przyjmował sakrament pokuty u holeszkowskiego proboszcza. Po odmowie zeznań przystąpiono ponownie do tortur, ściskania głowy żelazną obręczą, przywiązywania do nóg ciężkich kamieni by mięśnie i ścięgna naprężyć aż do ich naderwania. Trwało to trzy godziny. Kiedy odniesiono go do celi był na wpół żywym trupem. Ksiądz Sarkander męczył się w więzieniu jeszcze miesiąc, zmarł 17 marca 1620 roku w ołomunieckim więzieniu mając 44 lata. Szczegóły procesu oraz męczeństwa zostały opisane przez naocznego świadka, sędziego miejskiego, jako katolik zmuszony został przez heretyków do udziału w przesłuchaniach księdza.
Dopiero po tygodniu od śmierci udało się wydobyć ciało świętego męczennika i pogrzebać w szatach liturgicznych w kościele Najświętszej Maryi Panny w Ołomuńcu.
Do jego grobu przybywali pielgrzymi, a zwłaszcza po klęsce wojsk heretyckich w bitwie na Białej Górze.
Grób zamęczonego kapłana nawiedzili m. in. Jan III Sobieski, cesarze Karol IV i Franciszek I. W czeskim Ołomuńcu znajduje się wiele pamiątek po świętym Janie Sarkandrze; w miejscu dawnego więzienia jest kaplica zwana Sarakandrówką, gdzie znajdują się pamiątki związane z życiem, działalnością i śmiercią świętego. Zachowały się narzędzia tortur m.in. koło zwane skrzypcem. W Skoczowie w kamienicy gdzie się urodził święty jest muzeum jemu poświęcone.
Święty Jan Sarkander beatyfikowany został 6 maja 1860 roku w Rzymie, kanonizacja odbyła się w Ołomuńcu 21 maja 1995 roku. Jest on patronem Moraw, Śląska, dobrej spowiedzi i samych spowiedników. W Polsce jest sześć parafii pod wezwaniem świętego Jana Sarkandra.
Boże, któryś św. Jana męczennika w wyznawaniu prawdziwej wiary umocnić raczył, prosimy Cię udziel nam łaski odważnego trwania w świętej wierze i spraw, abyśmy dzięki Jego wstawiennictwu szerzyli wiarę katolicką wśród błądzących heretyków. Przez Chrystusa, Pana naszego. Amen.