Urodził się w Rostowie ok. 4 km od Przasnysza na Mazowszu w końcu grudnia 1550 roku, zmarł 15 sierpnia 1568 roku w Rzymie. Dokładny dzień jego urodzin jest nieznany. Ojcem jego był Jan, kasztelan zakroczymski. Krewny jego ojca, również Jan Kostka, był kasztelanem gdańskim oraz w dwóch pierwszych wolnych elekcjach był wśród kandydatów do objęcia korony. Św. Stanisław miał trzech braci i dwie siostry.
Pierwsze nauki pobierał w domu rodzinnym gdzie jego nauczycielem był Jan Biliński, który uczył go także później w Wiedniu. Do 14 roku życia przebywał w domu, dalsza nauka miała odbywać się za granicą. Wybrano Wiedeń – stolicę cesarstwa gdzie mieściły się szkoły jezuitów cieszące się sławą i renomą. Na naukę wysłany został Stanisław razem ze swoim starszym bratem Pawłem. Bracia Kostkowie dotarli do Wiednia 24 lipca 1564 roku w dniu śmierci cesarza Ferdynanda. Przyszły święty wraz ze swoim bratem, wychowawcą Bilińskim, sługą, kuzynem również Stanisławem oraz Bernardem Maciejowski późniejszym kardynałem i prymasem Polski zamieszkali na stancji u protestanckiego gospodarza. Początkowo nauka sprawiała Stanisławowi trudności gdyż miał pewne zaległości, w drugim roku nauki należał do najlepszych uczniów. Zawdzięczał to wielkim zdolnościom jak również pracowitości, pilności i sumienności. Wyróżniał się pobożnością, skromnością i umiarkowaniem. Często pozostawał w kościele lub kaplicy na adoracji Najświętszego Sakramentu. Odznaczał się szczególnym nabożeństwem do Matki Bożej. Jego mottem i dewizą były znamienne słowa: „Do wyższych rzeczy jestem stworzony i dla nich winienem żyć”.
W grudniu roku 1565 bardzo ciężko zachorował. Nie mógł liczyć na pomoc swojego brata, gdyż ten dokuczał Stanisławowi w sposób rubaszny a nawet ordynarny, chcąc go nakłonić do bardziej światowego życia. Modląc się do św. Barbary, orędowniczki dobrej śmierci, miał wizję, w której święta, z dwoma aniołami przyniosła mu komunię. W drugiej wizji Matka Boża z Dzieciątkiem Jezus pochyla się nad nim i daje mu w ramiona Dzieciątko. Następnego dnia Stanisław wstaje zupełnie zdrowy. W trakcie tych wizji usłyszał polecenie Najświętszej Maryi Panny, że ma wstąpić do Towarzystwa Jezusowego. Realizacja tego polecenia nie była łatwa. Ojciec św. Stanisława nie zgadzał się, aby syn został mnichem. Jezuici, znając ród Kostków, nie byli skłonni do przyjęcia do zakonu młodzieńca jeszcze niepełnoletniego i wbrew stanowisku rodziny.
Święty Stanisław Kostka opuszcza Wiedeń i udaje się do Augsburga do przełożonego zakonu Jezuitów obszaru niemieckojęzycznego by prosić go o przyjęcie do zgromadzenia. Ojciec Piotr Kanizjusz, późniejszy święty przekonawszy się o wielkiej głębi powołania Stanisława poradził, aby udał się do Rzymu do Generała zakonu i wystawiając wspaniałą opinię napisał: „Spodziewam się po nim rzeczy przedziwnych”.
Po przybyciu do Rzymu i spotkaniu z Generałem zakonu o. Franciszkiem Borgiaszem, zostaje przyjęty do nowicjatu 28 października 1567 roku. Daje się poznać jako pokorny, sumienny i pobożny nowicjusz, oddany Matce Bożej oraz Panu Jezusowi. Sumienność, wesołość jednały mu powszechną przychylność i życzliwość.
Nie opuszcza go myśl o rychłej śmierci. W połowie lipca powiedział: „Spodziewam się za łaską Bożą obchodzić w Niebie najbliższe święto Wniebowzięcia Matki Boskiej”. Dnia 10 sierpnia poczuł się bardzo źle, a 13 gorączka była już bardzo wysoka i został przeniesiony do infirmerii (sala chorych w klasztorze). Następnego dnia przyjął sakramenty święte i wraz z innymi nowicjuszami odmawiał modlitwy za konających. Dnia 15 sierpnia 1568 roku o brzasku zmarł w osiemnastym roku życia.
Wieść o jego śmierci szybko rozeszła się po Rzymie. Wbrew dotychczasowemu zwyczajowi ciało jego ustrojono kwiatami. Na polecenie Generała zakonu, magister nowicjatu napisał krótkie wspomnienie o św. Stanisławie, które następnie zostało rozesłane do wszystkich domów Towarzystwa Jezusowego. O. Stanisław Warszewicki, współnowicjusz opracował pierwszą biografię przyszłego świętego.
W roku 1602 Stanisław Kostka został ogłoszony błogosławionym Kościoła Katolickiego. Był to pierwszy błogosławiony z Towarzystwa Jezusowego. Uroczystości beatyfikacyjne odbyły się w Rzymie a następnie w Polsce. W roku 1674 papież Klemens X ustanowił bł. Stanisława Kostkę jednym z głównym patronów Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litwy. Dekret kanonizacyjny wydany został w roku 1714, ale uroczysty obrzęd kanonizacji dokonał dopiero Benedykt XIII w ostatni dzień 1726 roku.
W wiedeńskim domu gdzie mieszkał na stancji jest teraz kaplica św. Stanisława, również jego pokój w dawnym nowicjacie w Rzymie został zamieniony na kaplicę. W Rzymie przy kościele św. Andrzeja znajduje się pokój, w którym zmarł. Nad wejściem umieszczono napis w języku łacińskim: „Rzymski nowicjat Towarzystwa Jezusowego, założony przez św. Franciszka Borgiasza. W tej części domu swojego życia dokonał św. Stanisław Kostka, a po śmierci okrył je chwałą”. W środku pomieszczenia jest pomnik z białego marmuru przedstawiający świętego na łożu śmierci, nad nim umieszczono obraz Matki Bożej, która rzuca na „śpiącego” kleryka z nieba róże.
Wstawiennictwu św. Stanisława przypisuje się zwycięstwo wojsk Rzeczpospolitej w bitwie z Turkami pod Chocimiem w 1621 roku. Świadczy o tym widzenie ojca M. Oborskiego jezuity z Kalisza, w którym ujrzał św. Stanisława na obłokach błagającego Najświętszą Maryję Pannę o zwycięstwo wojsk Rzeczpospolitej. Z kolei według objawienia o. Juliusza Mancinellego to Stanisławowi Kostce zawdzięczamy łaskę, że Najświętsza Maryja Panna pragnie być nazywana Królową Polski.
Św. Stanisław Kostka jest patronem wielu kościołów i kaplic w Polsce. Do tych najbardziej znanych należy archikatedra w Łodzi, kościół w Warszawie. Jest patronem dzieci i młodzieży polskiej, ministrantów oraz jednym z patronów Polski. Jego atrybutami są anioł podający mu Komunię, Dziecię Jezus na ręku, różaniec, laska pielgrzymia. Ustanowienie wspomnienia liturgicznego na dzień 13 listopada związane jest z rokiem 1670 kiedy to Klemens X zezwolił na odprawianie Mszy Św. i brewiarza o Św. Stanisławie.